I. 두 판결의 관계와 분석 순서
두 판결은 모두 국내에 등록되지 않은 지식재산권과 한미조세협약의 해석을 다루지만, 직접적인 법적 쟁점은 서로 다르다. 대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결은 라이선스 사용료가 어느 국가에 원천을 두는지를 판단하면서 국내 미등록 특허기술의 국내 사용 문제를 다루었다. 반면 대법원 2026. 4. 9. 선고 2023두54761 판결은 국내 미등록 특허권 및 노하우에 관한 권리의 양도 고정대가를 사용료소득, 자본적 자산 양도소득 또는 그 밖의 무형재산 매각소득 중 어디에 분류할지와 그 원천지를 다루었다.
따라서 2023두54761 판결을 2021두59908 판결의 직접적인 후속 적용사례로 보기보다, 국내 미등록 무형자산 거래의 서로 다른 소득유형과 원천지 문제를 다룬 병렬적 판결로 이해하는 것이 정확하다.
| 구분 | 2021두59908 | 2023두54761 |
|---|---|---|
| 거래 유형 | 화해 및 글로벌 특허 라이선스 | 특허권·노하우에 관한 권리의 양도 |
| 핵심 쟁점 | 국내 미등록 특허기술의 국내 사용과 사용료 원천지 | 고정 양도대가의 소득분류와 무형재산의 매각 장소 |
| 대법원 결론 | 종전 판례를 변경하고 국내 사용 여부 추가 심리를 위해 파기환송 | 원심의 자본적 자산 판단 등을 깨고 제6조 원천지 판단을 위해 파기환송 |
두 판결은 권리의 형식적 명칭만이 아니라 실제 허락·이전된 권리와 경제적 이용을 살펴야 한다는 점에서 공통점이 있다. 다만 이를 OECD BEPS Actions 8–10 또는 DEMPE 프레임워크의 직접 적용으로 이해해서는 안 된다. BEPS·DEMPE는 주로 특수관계기업 간 이전가격과 무형자산 수익의 귀속을 다루는 반면, 두 판결은 한미조세협약상 소득분류와 원천지를 다룬다. 양자는 형식보다 실제 경제적 활동을 중시한다는 제한적인 방향성의 유사성만 가진다.
II. 대법원 2021두59908 전원합의체 판결
1. 사건의 배경
원고는 반도체소자 제조·판매업을 영위하는 내국법인이다. 대법원 공개 판결문은 당사자를 비실명 처리하지만, 대법원 선고 영상에서는 원고가 에스케이하이닉스 주식회사임이 공개되어 있다. 원고는 미국 법인으로부터 미국에서 특허침해소송을 제기당한 뒤, 미국에 등록된 특허권들에 관하여 지역적 범위를 전 세계로 하는 화해·라이선스 계약을 체결하였다.
원고는 사용료를 지급하면서 한미조세협약상 제한세율을 적용하여 법인세를 원천징수하였다. 이후 대상 특허가 국내에 등록되지 않았으므로 지급액은 국내원천소득이 아니라는 이유로 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 과세관청의 거부처분을 다투었다.
2. 핵심 쟁점
- 한미조세협약에서 별도로 정의하지 않은 특허의 “사용”을 협약 제2조 제2항에 따라 한국 법인세법의 의미를 참조하여 해석할 수 있는가.
- 국내에 등록되지 않은 미국 특허라도 그 대상인 제조방법·기술·정보가 국내에서 이용된 경우 관련 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 있는가.
- 이 사건 계약에 따른 특허기술이 실제 국내에서 사용되었는지, 지급액 중 어느 범위가 그 국내 사용에 대응하는가.
3. 대법원의 판단
- 한미조세협약이 특허의 “사용”을 별도로 정의하지 않으므로, 협약 제2조 제2항에 따라 구 법인세법 제93조 제8호의 의미를 참조할 수 있다고 보았다.
- 구 법인세법상 “사용”은 독점적 효력을 가진 특허권 자체의 행사만이 아니라, 특허권의 대상이 되는 제조방법·기술·정보의 사용을 포함한다고 해석하였다.
- 특허권 속지주의는 특허권의 효력과 침해를 정하는 특허법상 원칙이므로, 조세법상 특허기술의 사실상 이용 장소를 반드시 등록국으로 제한하지는 않는다고 보았다.
- 원심이 특허가 국내에 등록되지 않았다는 이유만으로 국내원천성을 부정하고 실제 국내 사용 여부를 충분히 심리하지 않았으므로 원심판결을 파기하고 사건을 수원고등법원에 환송하였다.
중요한 점은 대법원이 이 사건 사용료 전액에 대한 과세의 정당성을 최종 확정한 것이 아니라는 사실이다. 대법원은 국내 미등록 특허기술이 국내에서 실제 사용되었다면 그 사용에 대응하는 대가가 국내원천 사용료소득이 될 수 있다는 법리를 제시한 뒤, 구체적인 국내 사용 여부를 더 심리하도록 사건을 환송하였다.
반대의견은 이 사건 계약이 미국에서 제기된 특허침해소송을 종결하기 위한 화해 및 라이선스 계약이라는 점과 대상 권리가 미국 특허권이라는 점을 중시하였다. 국내에 존재하지 않는 특허권의 “사용”을 국내 특허기술 이용으로 확장하는 것은 한미조세협약의 문언, 특허권 속지주의 및 조약해석의 한계와 조화되기 어렵다고 보았다.
4. 입증책임과 안분의 한계
이 판결이 국내 관련성이 일부 확인되기만 하면 전 세계 로열티 전액을 국내원천소득으로 추정한다거나, 법적 증명책임을 납세자에게 전환하는 일반원칙을 확립한 것은 아니다. 과세관청은 원칙적으로 특허기술의 국내 사용이라는 과세요건 사실과 국내원천소득에 해당하는 금액을 합리적으로 특정하여야 한다.
다만 글로벌 라이선스의 특허별·국가별·제품별 사용자료가 납세자에게 집중되어 있는 경우가 많다. 납세자가 보유 자료를 제시하지 못하면 국내외 사용 범위와 지급액의 대응관계를 설명하기 어려워 사실인정 과정에서 불리해질 수 있다. 이는 과세관청의 법적 증명책임과 납세자의 현실적인 자료제출·설명 부담을 구별하여 이해해야 한다.
III. 대법원 2023두54761 판결
1. 사건의 배경
미국 법인인 원고는 2016년 국내 제약회사와 간암 표적치료용 화합물 기술 및 노하우 등에 관한 기술이전계약을 체결하였다. 대가는 확정적인 정액기술료와 장래 완제의약품 순매출액에 연동되는 경상기술료로 구성되었다. 국내 회사는 정액기술료 중 계약금 5억 원을 지급하면서 원천징수분 법인세를 납부하였고, 원고는 이 계약금이 한미조세협약상 국내원천소득이 아니라며 환급을 청구하였다.
2. 판결이 제시한 단계적 소득분류
| 단계 | 질문 | 대법원의 판단 |
|---|---|---|
| 1단계 | 제14조 제4항 제b호의 사용료소득인가 | 확정적인 고정대가는 생산성·사용·처분에 좌우되는 조건부 대가가 아니므로 해당 조항의 사용료소득이 아님 |
| 2단계 | 제16조 제1항의 자본적 자산 양도소득인가 | 사업에 사용되고 감가상각 대상이 되는 노하우는 조약상 “자본적 자산”에 포함되지 않음 |
| 3단계 | 그렇다면 자동 비과세인가 | 아님. 제6조의 원천지 규정을 별도로 적용하여 국내원천성을 판단해야 함 |
| 4단계 | 어떤 원천지 규정이 문제 되는가 | 노하우 등이 제6조 제7항의 무형재산에 해당하는지와 그 재산이 매각된 장소가 한국인지 추가 심리 필요 |
3. 개별 소득조항과 제6조 제9항의 관계
대법원은 한미조세협약 제16조 제1항 등 개별 소득조항이 제6조 제9항보다 당연히 우선하여 적용된다는 견해를 명시적으로 부정하였다. 따라서 이 사건 고정대가가 제14조의 사용료소득이나 제16조의 자본적 자산 양도소득에 해당하지 않는다는 이유만으로 자동 비과세되는 것은 아니다.
제6조는 소득의 원천을 정하는 규정이다. 그중 제9항은 앞선 항들로 원천이 정해지지 않는 소득항목의 원천을 각 체약국의 법에 따라 정하도록 하는 잔여적 원천지 판정 규정이다. 이를 OECD 모델조약의 독립된 “기타소득 조항”과 같은 의미로 부르는 것은 정확하지 않다.
4. “Personal property”의 번역과 매각 장소
판결에서 문제 된 personal property는 자연인의 사유재산이라는 뜻의 “개인재산”이 아니라, 영미법상 부동산인 real property와 대비되는 재산 개념이다. 이 글에서는 문맥에 따라 “무형재산” 또는 “무형의 동산적 재산”으로 표현한다.
대법원은 이 사건 노하우 등이 한미조세협약 제6조 제7항의 무형재산에 해당하는지, 해당한다면 그 재산이 매각된 장소를 한국으로 볼 수 있는지를 환송심에서 추가로 심리하도록 하였다. 무형재산의 매각 장소는 계약서에 적힌 서명 장소 하나만으로 결정된다고 단정하기 어렵다. 계약의 체결·효력 발생 과정, 권리이전의 법적 완성, 당사자의 의사결정 장소, 준거법, 대상 권리의 성격과 실제 이행관계를 종합적으로 검토해야 한다.
IV. 특허법적 평석
1. 네 가지 개념을 구분해야 한다
조세협약상 특허의 “사용”을 특허법과 연결할 때에는 다음 개념을 구별해야 한다.
- 특허권의 행사: 특허권자가 제3자의 무단 실시를 금지하거나 침해책임을 묻는 행위
- 특허발명의 실시: 특허법이 정하는 제조·사용·양도·수입 등의 행위
- 실시권의 허락·설정: 약정된 지역·기간·제품 범위에서 특허발명을 실시하도록 허용하는 법률관계
- 특허기술정보의 이용: 제조방법·도면·기술정보 등 발명의 기술적 내용을 사실상 활용하는 행위
특허권은 발명을 적극적으로 실시할 자유를 보장하는 권리라기보다 제3자의 실시를 배제하는 권리라는 점에서 흔히 negative right로 설명된다. 특허 라이선스는 약정 범위에서 특허권을 행사하지 않거나 침해책임을 묻지 않겠다는 허락 또는 부제소 약정의 측면을 가질 수 있다. 다만 전용실시권처럼 법률상 별도의 권리로 구성되는 경우가 있고, 모든 라이선스를 단순한 부제소 약정으로 환원할 수는 없다.
또한 라이선스가 특허법적으로 부제소 약정의 성격을 가진다고 해서 조세법상 사용료성이 곧바로 부정되는 것은 아니다. 지급자가 특허발명을 실시할 경제적 자유를 취득하고 그 대가를 지급하였다면 조세협약상 사용료로 평가될 수 있다.
2. 특허권과 특허기술의 긴장
2021두59908 다수의견은 조세법상 “사용”을 특허기술정보의 사실상 이용을 중심으로 이해하였다. 이에 대해서는 국내에 특허권이 존재하지 않는 상황에서 외국 특허기술의 이용만으로 외국 특허의 “사용 또는 사용할 권리”가 국내에서 발생했다고 볼 수 있는지, 그 해석이 특허권 속지주의와 조약 문언에 충분히 부합하는지 비판적으로 검토할 여지가 있다.
다만 조세법상 소득분류는 특허법상 권리개념만으로 결정되지 않는다. 특허 라이선스료, 노하우 사용료, 기술이전료, 과거 침해에 대한 손해배상금, 분쟁종결 화해금과 장래의 부제소 대가는 법적 발생원인과 경제적 기능이 서로 다르다. 하나의 계약에 여러 대가가 혼재하면 계약 명칭에 의존하지 말고 지급원인별로 합리적으로 구분·배분해야 한다.
3. BEPS·DEMPE와의 제한적 관련성
2021두59908 판결은 특수관계기업 간 정상가격이나 무형자산 수익 귀속을 판단한 사건이 아니며, 2023두54761 판결도 이전가격 사건이 아니다. 두 판결이 DEMPE를 채택하거나 적용했다고 평가해서는 안 된다. 다만 권리의 등록·계약 명칭만이 아니라 기술의 실제 이용과 거래의 경제적 내용을 중시한다는 점에서 BEPS의 실질·가치창출 중심 접근과 제한적인 공통점을 찾을 수 있다.
V. 기업 실무상 과제
1. 국내외 사용분의 합리적 분석
과세관청은 국내 사용과 국내원천 금액을 원칙적으로 증명해야 하지만, 납세자는 보유 자료를 통해 계약의 실제 범위와 국내외 사용관계를 설명할 필요가 있다. 안분기준은 특허유형과 지급원인에 따라 달라져야 한다.
- 제조방법 특허: 생산지, 생산량, 공정 사용 여부와 기간
- 제품 특허: 제품별 제조·수입·판매 구조와 국가별 실시행위
- 포트폴리오 라이선스: 특허별 등록국, 제품 적용범위와 국가별 위험
- 글로벌 화해계약: 과거 침해분쟁 해결과 장래 실시허락·부제소의 상대적 가치
매출액, 생산량 또는 제품군 비율은 활용 가능한 자료이지만 자동적으로 정답이 되는 안분공식은 아니다. 계약과 실제 사업활동에 가장 부합하고 반복 적용 가능한 기준을 선택해야 한다.
2. 계약은 형식적 장소가 아니라 권리와 대가의 실질을 명확히 해야 한다
계약 체결지나 서명 장소를 국외로 정하는 것만으로 과세관계가 결정되는 것은 아니다. 계약에서는 다음 사항을 명확히 해야 한다.
- 양도와 라이선스의 구별 및 양도 후 권리의 존속 여부
- 대상 특허·노하우, 지역, 기간, 제품과 실시행위
- 과거 침해분쟁 해결, 장래 실시허락 및 부제소 약정의 구분
- 확정 고정대가와 매출·사용·성과에 연동되는 변동대가의 산정 근거
- 원천징수 절차, 조세조약 적용자료, 세액공제 협조와 경제적 부담의 배분
Gross-up 조항은 법정 원천징수 의무를 없애는 장치가 아니라 당사자 사이에서 세금의 최종 경제적 부담을 배분하는 조항이다. 고정대가와 변동대가를 분리하더라도 각 대가의 소득분류와 원천지는 별도로 검토해야 한다.
3. NPE 화해·라이선스 거래의 증빙
NPE와의 거래는 기술지원 없이 침해위험 제거, 소송종결, 과거 침해 면책과 장래 라이선스가 함께 제공되는 경우가 많다. 다음 자료를 함께 보관할 필요가 있다.
- 소송 청구내용과 대상 특허 목록
- 침해대상 제품·공정 및 국가별 판매·제조 구조
- 특허 청구항 대비표(claim chart)와 비침해·무효 분석
- 손해배상 노출액과 국가별 소송위험 분석
- 화해·라이선스 협상기록과 가치평가 자료
- 과거 침해 해결대가와 장래 라이선스·부제소 대가의 가치배분 근거
- 제품군별 BOM, 공정도, 기술사용 보고서와 내부 의사결정 기록
관련 자료가 없다고 경정청구가 반드시 기각되는 것은 아니지만, 지급원인과 국내외 사용 범위를 설명하기 어려워 세무조사나 환급절차에서 불리해질 가능성이 커진다.
4. APA·ACVA의 적용범위
APA는 국외 특수관계인 간 이전가격 거래를 대상으로 하고, ACVA는 한국 소재 수입자가 특수관계 해외 수출자로부터 물품을 지속적으로 수입하는 거래의 관세평가를 사전에 심사받는 제도이다. 따라서 해외 특수관계자로부터 물품을 수입하면서 별도 로열티를 지급하는 구조에서는 양 제도의 병행을 검토할 수 있다.
그러나 NPE 등 비특수관계 권리자와의 라이선스·화해계약에는 통상 APA가 적용되지 않고, 수입물품 거래가 없다면 ACVA도 적용대상이 아니다. 두 제도는 모든 특허·노하우 거래에 일률적으로 적용되는 종합면책 수단이 아니라, 요건을 충족하는 특수관계 수입거래의 예측가능성을 높이는 절차이다.
VI. 2019년 개정 법인세법과의 관계
2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법은 국내 미등록 특허 관련 사용대가와 침해 손해배상금의 국내원천소득 과세체계를 보완하였다. 개정 법인세법 제93조 제8호는 일정한 국내 미등록 권리에 포함된 제조방법·기술 등의 국내 사용대가를 사용료소득으로 포섭하는 규정을 두었고, 같은 조 제10호 차목은 사용지 기준 조세조약 상대국 법인이 보유한 국외 등록·국내 미등록 특허권 등의 국내 침해로 지급되는 손해배상금 등을 국내원천 기타소득으로 분류하는 규정을 마련하였다.
다만 국내법상 사용료 또는 기타소득으로 분류된다는 사실만으로 조세조약상 한국의 과세권이 자동 확정되는 것은 아니다. 조세조약상 사용료, 양도대가, 손해배상금 등 어느 소득유형에 해당하는지와 조약의 원천지 규정이 한국의 과세권을 인정하거나 제한하는지를 별도로 검토해야 한다.
특히 한미조세협약 제6조 제9항은 소득원천을 정하는 잔여 규정이지 독립된 “기타소득 조항”이 아니다. 과거 침해에 대한 보상, 일실이익, 징벌적 배상, 장래 라이선스와 부제소의 대가는 계약과 준거법에 따른 지급원인을 구분하여 조약상 성격을 판단해야 한다.
VII. 결론
2021두59908 판결은 국내 미등록 특허기술의 국내 사용이 인정되면 그 사용에 대응하는 대가가 국내원천 사용료소득이 될 수 있다는 법리를 제시하면서, 실제 국내 사용 여부를 추가로 심리하도록 파기환송하였다. 이는 과세를 최종 확정한 판결이 아니다.
2023두54761 판결은 무형자산 양도 고정대가가 제14조의 사용료에 해당하지 않더라도 자동 비과세되는 것은 아니며, 사업용 노하우의 자본적 자산 해당 여부와 제6조의 원천지 규정을 순차적으로 검토해야 한다고 보았다. 특히 개별 소득조항이 제6조 제9항에 당연히 우선한다는 해석을 부정하고, 무형재산의 성격과 매각 장소를 추가로 심리하도록 환송하였다.
두 판결은 무형자산 거래의 세무상 결과가 계약 명칭이나 국내 등록 여부 하나로 결정되지 않으며, 실제 이전·허락된 권리, 국내 기술 이용, 대가의 산정구조, 양도와 라이선스의 구별 및 조세조약상 원천지 규정을 단계적으로 분석해야 한다는 점을 보여준다.
